Il complesso fu fondato da Re Desiderio, il quale mise a capo del ricco e potente monastero la figlia Ermengarda. Il complesso è risultato enormemente stratificato con reperti dall’età del ferro, all’insediamento romano (una villa di un ettaro) posto sul decumano massimo in vicinanza al teatro, al tempio e alla grande piana contigua. Le murature presentano datazioni da medievali a rinascimentali e successive. Il complesso include tre chiese di elevatissima fattura, tre chiostri e una corte. Sono ricavati gli spazi per gli uffici del Museo, spazi per la biblioteca, per i laboratori di restauro, per tutto l’articolato sistema espositivo (incluso di magazzini consultabili) e lo spazio necessario per le mostre temporanee funzionalmente indipendenti dal sistema principale del museo.